Mevlana Değişim Programı için başvuru dönemleri YÖK tarafından belirlenmektedir. YÖK tarafından bir başvuru dönemi açıldığında (genellikle Şubat veya Mart aylarında) üniversitemiz tarafından da başvuru dönemi açılır. Şartları sağlayan öğrenciler Yabancı Diller Yüksekokulu tarafından düzenlenen dil sınavına katılırlar. Kontenjanlar doğrultusunda ön değerlendirme sonuçları YÖK'e bildirilir. YÖK tarafından kabul verilen öğrencilerin bilgileri anlaşmalı üniversitelere bildirilir. Anlaşmalı üniversiteler tarafından kabul mektubu gönderilen öğrenciler, KTÜ Değişim Programları Koordinatörlüğü Mevlana Değişim Programı Birimi'nin koordinatörlüğünde belge hazırlama sürecine başlarlar.